Якасць вады мае важны ўплыў на аквакультуру. Таму для аквакультуры асабліва важна ведаць паказчыкі выяўлення, рэгулярна праводзіць праверкі якасці вады і своечасова рэагаваць на карэкціроўку паказчыкаў якасці вады.
Асноўнымі паказчыкамі для аналізу вод аквакультуры з'яўляюцца pH, аміячны азот, раствораны кісларод, нітрыты, сульфіды і салёнасць. Сярод іх раствораны кісларод і правільны pH з'яўляюцца неабходнымі ўмовамі, у той час як аміячны азот, нітрытны азот і сульфід з'яўляюцца асноўнымі таксічнымі рэчывамі, якія ўтвараюцца ў выніку метабалізму рыб і крэветак. Дакладнае і своечасовае вымярэнне канцэнтрацыі гэтых рэчываў, а таксама прыняцце адпаведных мер могуць значна палепшыць выжывальнасць рыб і крэветак, а таксама знізіць выдаткі на развядзенне.