Качеството на водата има важно въздействие върху аквакултурите. Следователно е особено важно за аквакултурите да са запознати с индикаторите за откриване, да провеждат редовни проверки на качеството на водата и да реагират своевременно на корекцията на показателите за качество на водата.
Основните показатели за тестване на водите за аквакултури включват pH, амонячен азот, разтворен кислород, нитрити, сулфиди и соленост. Сред тях разтвореният кислород и правилното pH са основни условия, докато амонячният азот, нитритният азот и сулфидът са основните токсични вещества, произвеждани от метаболизма на рибите и скаридите. Точното и навременно измерване на концентрацията на тези вещества и предприемането на съответните мерки може значително да подобри процента на оцеляване на рибите и скаридите и да намали разходите за развъждане.