Die Wasserqualität hat einen wichtigen Einfluss auf die Aquakultur. Daher ist es für die Aquakultur besonders wichtig, mit den Erkennungsindikatoren vertraut zu sein, regelmäßige Wasserqualitätskontrollen durchzuführen und rechtzeitig auf Anpassungen der Wasserqualitätsindikatoren zu reagieren.
Zu den wichtigsten Prüfparametern für Aquakulturgewässer zählen pH-Wert, Ammoniakstickstoff, gelöster Sauerstoff, Nitrit, Sulfid und Salzgehalt. Gelöster Sauerstoff und ein angemessener pH-Wert sind dabei wesentliche Voraussetzungen, während Ammoniakstickstoff, Nitritstickstoff und Sulfid die wichtigsten Giftstoffe sind, die im Stoffwechsel von Fischen und Garnelen entstehen. Eine genaue und rechtzeitige Messung der Konzentration dieser Stoffe und die anschließende Ergreifung entsprechender Maßnahmen können die Überlebensrate von Fischen und Garnelen erheblich verbessern und die Zuchtkosten senken.