Vedenlaadulla on tärkeä vaikutus vesiviljelyyn. Siksi on erityisen tärkeää, että vesiviljelyssä tuntee havaitsemisindikaattorit, suorittaa säännöllisiä vedenlaadun tarkastuksia ja reagoi vedenlaadun indikaattoreiden muutoksiin ajoissa.
Vesiviljelyvesien tärkeimpiä testattavia tekijöitä ovat pH, ammoniumtyppi, liuennut happi, nitriitti, sulfidi ja suolapitoisuus. Näistä liuennut happi ja oikea pH ovat olennaisia olosuhteita, kun taas ammoniumtyppi, nitriittityppi ja sulfidi ovat tärkeimmät kalojen ja katkarapujen aineenvaihdunnan tuottamat myrkylliset aineet. Näiden aineiden pitoisuuksien tarkka ja oikea-aikainen mittaus ja vastaavat toimenpiteet voivat parantaa huomattavasti kalojen ja katkarapujen selviytymisastetta ja vähentää kasvatuskustannuksia.