પાણીની ગુણવત્તા જળચરઉછેર પર મહત્વપૂર્ણ અસર કરે છે. તેથી, જળચરઉછેર માટે શોધ સૂચકાંકોથી પરિચિત રહેવું, નિયમિત પાણીની ગુણવત્તા નિરીક્ષણ કરવું અને સમયસર પાણીની ગુણવત્તા સૂચકાંકોના ગોઠવણનો પ્રતિભાવ આપવો ખાસ કરીને મહત્વપૂર્ણ છે.
જળચરઉછેરના પાણી માટે મુખ્ય પરીક્ષણ વસ્તુઓમાં pH, એમોનિયા નાઇટ્રોજન, ઓગળેલા ઓક્સિજન, નાઇટ્રાઇટ, સલ્ફાઇડ અને ખારાશનો સમાવેશ થાય છે. તેમાંથી, ઓગળેલા ઓક્સિજન અને યોગ્ય pH આવશ્યક સ્થિતિઓ છે, જ્યારે એમોનિયા નાઇટ્રોજન, નાઇટ્રાઇટ નાઇટ્રોજન અને સલ્ફાઇડ માછલી અને ઝીંગા ચયાપચય દ્વારા ઉત્પાદિત મુખ્ય ઝેરી પદાર્થો છે. આ પદાર્થોની સાંદ્રતાનું સચોટ અને સમયસર માપન, અને પછી અનુરૂપ પગલાં લેવાથી માછલી અને ઝીંગાનો જીવિત રહેવાનો દર ઘણો સુધારી શકાય છે, અને સંવર્ધન ખર્ચ ઘટાડી શકાય છે.