जल गुणवत्ता का जलकृषि पर महत्वपूर्ण प्रभाव पड़ता है। इसलिए, जलकृषि के लिए यह विशेष रूप से महत्वपूर्ण है कि वे पहचान संकेतकों से परिचित हों, नियमित रूप से जल गुणवत्ता निरीक्षण करें और समय पर जल गुणवत्ता संकेतकों के समायोजन का जवाब दें।
जलीय कृषि जल के लिए मुख्य परीक्षण मदों में पीएच, अमोनिया नाइट्रोजन, घुलित ऑक्सीजन, नाइट्राइट, सल्फाइड और लवणता शामिल हैं। इनमें घुलित ऑक्सीजन और उचित पीएच आवश्यक शर्तें हैं, जबकि अमोनिया नाइट्रोजन, नाइट्राइट नाइट्रोजन और सल्फाइड मछली और झींगा चयापचय द्वारा उत्पादित मुख्य विषाक्त पदार्थ हैं। इन पदार्थों की सांद्रता का सटीक और समय पर मापन, और फिर संबंधित उपाय करने से मछली और झींगा की जीवित रहने की दर में काफी सुधार हो सकता है, और प्रजनन की लागत कम हो सकती है।