Qualitas aquae magnum momentum in aquaculturam habet. Quapropter, aquaculturae imprimis interest ut indicia detectionis cognoscat, inspectiones qualitatis aquae regulares peragat, et ad accommodationem indicatorum qualitatis aquae tempestive respondeat.
Inter praecipuas res examinandas aquarum aquaculturae sunt pH, nitrogenium ammoniacale, oxygenium dissolutum, nitritum, sulfurum, et salinitas. Inter haec, oxygenium dissolutum et pH aptum condiciones essentiales sunt, dum nitrogenium ammoniacale, nitrogenium nitritale et sulfurum sunt substantiae toxicae principales a metabolismo piscium et squillarum productae. Mensura accurata et opportuna concentrationis harum substantiarum, deinde mensurae congruentes adhibitae, ratam supervivendi piscium et squillarum magnopere augere et sumptus feturae minuere possunt.