Квалитетот на водата има важно влијание врз аквакултурата. Затоа, особено е важно аквакултурата да биде запознаена со индикаторите за детекција, да спроведува редовни инспекции за квалитетот на водата и навремено да реагира на прилагодувањето на индикаторите за квалитет на водата.
Главните елементи за тестирање на водите за аквакултура вклучуваат pH вредност, амонијак азот, растворен кислород, нитрит, сулфид и соленост. Меѓу нив, растворениот кислород и соодветната pH вредност се основни услови, додека амонијак азот, нитритен азот и сулфид се главните токсични супстанции произведени од метаболизмот на рибите и ракчињата. Точното и навремено мерење на концентрацијата на овие супстанции, а потоа преземањето соодветни мерки, може значително да ја подобри стапката на преживување на рибите и ракчињата и да ги намали трошоците за одгледување.