पाण्याच्या गुणवत्तेचा मत्स्यपालनावर महत्त्वाचा प्रभाव पडतो. म्हणूनच, मत्स्यपालनासाठी शोध निर्देशकांशी परिचित असणे, नियमित पाण्याच्या गुणवत्तेची तपासणी करणे आणि वेळेवर पाण्याच्या गुणवत्तेच्या निर्देशकांच्या समायोजनाला प्रतिसाद देणे विशेषतः महत्वाचे आहे.
मत्स्यपालनाच्या पाण्याच्या मुख्य चाचणी घटकांमध्ये pH, अमोनिया नायट्रोजन, विरघळलेला ऑक्सिजन, नायट्रेट, सल्फाइड आणि क्षारता यांचा समावेश आहे. त्यापैकी, विरघळलेला ऑक्सिजन आणि योग्य pH ही आवश्यक परिस्थिती आहे, तर अमोनिया नायट्रोजन, नायट्रेट नायट्रोजन आणि सल्फाइड हे मासे आणि कोळंबीच्या चयापचयातून निर्माण होणारे मुख्य विषारी पदार्थ आहेत. या पदार्थांच्या एकाग्रतेचे अचूक आणि वेळेवर मोजमाप करून आणि नंतर संबंधित उपाययोजना केल्याने मासे आणि कोळंबीचा जगण्याचा दर मोठ्या प्रमाणात सुधारू शकतो आणि प्रजनन खर्च कमी होऊ शकतो.