Kvalita vody má významný vplyv na akvakultúru. Preto je pre akvakultúru obzvlášť dôležité poznať indikátory detekcie, vykonávať pravidelné kontroly kvality vody a včas reagovať na úpravu indikátorov kvality vody.
Medzi hlavné testované položky pre akvakultúrne vody patrí pH, amoniakálny dusík, rozpustený kyslík, dusitany, sulfidy a slanosť. Medzi nimi sú rozpustený kyslík a správne pH nevyhnutnými podmienkami, zatiaľ čo amoniakálny dusík, dusitanový dusík a sulfidy sú hlavnými toxickými látkami produkovanými metabolizmom rýb a kreviet. Presné a včasné meranie koncentrácie týchto látok a následné prijatie zodpovedajúcich opatrení môže výrazne zlepšiť mieru prežitia rýb a kreviet a znížiť náklady na chov.