Kakovost vode ima pomemben vpliv na akvakulturo. Zato je za akvakulturo še posebej pomembno, da pozna kazalnike zaznavanja, da redno izvaja preglede kakovosti vode in da se pravočasno odzove na prilagoditev kazalnikov kakovosti vode.
Glavne preskusne postavke za vode v akvakulturi vključujejo pH, amonijski dušik, raztopljeni kisik, nitrit, sulfid in slanost. Med njimi sta raztopljeni kisik in ustrezen pH bistvena pogoja, medtem ko so amonijski dušik, nitritni dušik in sulfid glavne strupene snovi, ki jih proizvaja presnova rib in kozic. Natančno in pravočasno merjenje koncentracije teh snovi ter nato sprejemanje ustreznih ukrepov lahko močno izboljša stopnjo preživetja rib in kozic ter zmanjša stroške gojenja.