Cilësia e ujit ka një ndikim të rëndësishëm në akuakulturë. Prandaj, është veçanërisht e rëndësishme që akuakultura të njihet me treguesit e zbulimit, të kryejë inspektime të rregullta të cilësisë së ujit dhe të përgjigjet në kohën e duhur ndaj rregullimit të treguesve të cilësisë së ujit.
Pikat kryesore të testimit për ujërat e akuakulturës përfshijnë pH-in, azotin e amoniakut, oksigjenin e tretur, nitritin, sulfurin dhe kripësinë. Midis tyre, oksigjeni i tretur dhe pH-i i duhur janë kushte thelbësore, ndërsa azoti i amoniakut, azoti i nitritit dhe sulfidi janë substancat kryesore toksike të prodhuara nga metabolizmi i peshqve dhe karkalecave. Matja e saktë dhe në kohë e përqendrimit të këtyre substancave, dhe më pas marrja e masave përkatëse mund të përmirësojë shumë shkallën e mbijetesës së peshqve dhe karkalecave, si dhe të ulë koston e mbarështimit.