Jakość wody ma istotny wpływ na akwakulturę. Dlatego szczególnie ważne jest, aby akwakultura znała wskaźniki wykrywania, przeprowadzała regularne kontrole jakości wody i reagowała na dostosowanie wskaźników jakości wody w odpowiednim czasie.
Główne elementy testowe dla wód akwakultury obejmują pH, azot amoniakowy, rozpuszczony tlen, azotyn, siarczek i zasolenie. Spośród nich niezbędnymi warunkami są rozpuszczony tlen i odpowiednie pH, podczas gdy azot amoniakowy, azot azotynowy i siarczek są głównymi substancjami toksycznymi wytwarzanymi przez metabolizm ryb i krewetek. Dokładny i terminowy pomiar stężenia tych substancji, a następnie podjęcie odpowiednich środków może znacznie poprawić wskaźnik przeżywalności ryb i krewetek oraz obniżyć koszty hodowli.