Cilësia e ujit ka një ndikim të rëndësishëm në akuakulturë.Prandaj, është veçanërisht e rëndësishme që akuakultura të njihet me treguesit e zbulimit, të kryejë inspektime të rregullta të cilësisë së ujit dhe t'i përgjigjet rregullimit të treguesve të cilësisë së ujit në kohën e duhur.
Artikujt kryesorë të testimit për ujërat e akuakulturës përfshijnë pH, azoti i amoniakut, oksigjeni i tretur, nitritet, sulfidi dhe kripësia.Midis tyre, oksigjeni i tretur dhe pH e duhur janë kushte thelbësore, ndërsa azoti i amoniakut, azoti nitrit dhe sulfidi janë substancat kryesore toksike të prodhuara nga metabolizmi i peshkut dhe karkalecave.Matja e saktë dhe në kohë e përqendrimit të këtyre substancave, dhe më pas marrja e masave përkatëse, mund të përmirësojë shumë shkallën e mbijetesës së peshkut dhe karkalecave, dhe të ulë koston e mbarështimit.