Ang kalidad ng tubig ay may mahalagang epekto sa aquaculture.Samakatuwid, partikular na mahalaga para sa aquaculture na maging pamilyar sa mga indicator ng pagtuklas, upang magsagawa ng regular na inspeksyon ng kalidad ng tubig, at tumugon sa pagsasaayos ng mga tagapagpahiwatig ng kalidad ng tubig sa isang napapanahong paraan.
Ang mga pangunahing bagay sa pagsubok para sa tubig ng aquaculture ay kinabibilangan ng pH, ammonia nitrogen, dissolved oxygen, nitrite, sulfide, at salinity.Kabilang sa mga ito, ang dissolved oxygen at tamang pH ay mga mahahalagang kondisyon, habang ang ammonia nitrogen, nitrite nitrogen at sulfide ay ang pangunahing nakakalason na sangkap na ginawa ng metabolismo ng isda at hipon.Ang tumpak at napapanahong pagsukat ng konsentrasyon ng mga sangkap na ito, at pagkatapos ay ang pagkuha ng kaukulang mga hakbang ay maaaring lubos na mapabuti ang survival rate ng isda at hipon, at bawasan ang halaga ng pag-aanak.