Η ποιότητα του νερού έχει σημαντικό αντίκτυπο στην υδατοκαλλιέργεια.Ως εκ τούτου, είναι ιδιαίτερα σημαντικό για την υδατοκαλλιέργεια να είναι εξοικειωμένη με τους δείκτες ανίχνευσης, να διεξάγει τακτικές επιθεωρήσεις ποιότητας του νερού και να ανταποκρίνεται έγκαιρα στην προσαρμογή των δεικτών ποιότητας του νερού.
Τα κύρια στοιχεία δοκιμής για τα νερά υδατοκαλλιέργειας περιλαμβάνουν το pH, το άζωτο αμμωνίας, το διαλυμένο οξυγόνο, τα νιτρώδη, τα σουλφίδια και την αλατότητα.Μεταξύ αυτών, το διαλυμένο οξυγόνο και το κατάλληλο pH είναι απαραίτητες προϋποθέσεις, ενώ το αμμωνιακό άζωτο, το νιτρώδες άζωτο και το σουλφίδιο είναι οι κύριες τοξικές ουσίες που παράγονται από το μεταβολισμό των ψαριών και των γαρίδων.Η ακριβής και έγκαιρη μέτρηση της συγκέντρωσης αυτών των ουσιών και στη συνέχεια η λήψη των αντίστοιχων μέτρων μπορεί να βελτιώσει σημαντικά το ποσοστό επιβίωσης των ψαριών και της γαρίδας και να μειώσει το κόστος αναπαραγωγής.