לאיכות המים יש השפעה חשובה על חקלאות ימית.לכן, חשוב במיוחד לחקלאות ימית להכיר את מדדי הגילוי, לבצע בדיקות איכות מים שוטפות ולהגיב להתאמת מדדי איכות המים במועד.
פריטי הבדיקה העיקריים עבור מי חקלאות ימית כוללים pH, חנקן אמוניה, חמצן מומס, ניטריט, גופרתי ומליחות.ביניהם, חמצן מומס ו-pH תקין הם תנאים חיוניים, בעוד חנקן אמוניה, חנקן ניטריט וסולפיד הם החומרים הרעילים העיקריים המיוצרים על ידי חילוף החומרים של דגים ושרימפס.מדידה מדויקת ובזמן של ריכוז החומרים הללו, ולאחר מכן נקיטת אמצעים מתאימים יכולים לשפר מאוד את שיעור ההישרדות של דגים ושרימפס ולהפחית את עלות הרבייה.