Vatnsgæði hafa mikil áhrif á fiskeldi.Því er sérstaklega mikilvægt fyrir fiskeldi að kynna sér greiningarvísana, gera reglulegar vatnsgæðaskoðanir og bregðast við aðlögun vatnsgæðavísa tímanlega.
Helstu prófunaratriði fyrir fiskeldisvatn eru pH, ammoníak köfnunarefni, uppleyst súrefni, nítrít, súlfíð og selta.Þar á meðal eru uppleyst súrefni og rétt pH nauðsynleg skilyrði, en ammoníak köfnunarefni, nítrít köfnunarefni og súlfíð eru helstu eiturefnin sem myndast við umbrot fisks og rækju.Nákvæmar og tímabærar mælingar á styrk þessara efna og gripið til samsvarandi ráðstafana getur stórlega bætt lifunartíðni fiska og rækju og dregið úr kostnaði við ræktun.