પાણીની ગુણવત્તા જળચરઉછેર પર મહત્વપૂર્ણ અસર કરે છે.તેથી, જળચરઉછેર માટે શોધ સૂચકાંકોથી પરિચિત હોવું, નિયમિત પાણીની ગુણવત્તાની તપાસ કરવી અને સમયસર પાણીની ગુણવત્તા સૂચકોના સમાયોજનને પ્રતિસાદ આપવો તે ખાસ કરીને મહત્વનું છે.
જળચરઉછેરના પાણી માટે મુખ્ય પરીક્ષણ વસ્તુઓમાં પીએચ, એમોનિયા નાઇટ્રોજન, ઓગળેલા ઓક્સિજન, નાઇટ્રાઇટ, સલ્ફાઇડ અને ખારાશનો સમાવેશ થાય છે.તેમાંથી, ઓગળેલા ઓક્સિજન અને યોગ્ય pH એ આવશ્યક સ્થિતિ છે, જ્યારે એમોનિયા નાઇટ્રોજન, નાઇટ્રાઇટ નાઇટ્રોજન અને સલ્ફાઇડ માછલી અને ઝીંગા ચયાપચય દ્વારા ઉત્પાદિત મુખ્ય ઝેરી પદાર્થો છે.આ પદાર્થોની સાંદ્રતાનું ચોક્કસ અને સમયસર માપન, અને પછી તેને અનુરૂપ પગલાં લેવાથી માછલી અને ઝીંગાના અસ્તિત્વ દરમાં ઘણો સુધારો થઈ શકે છે, અને સંવર્ધન ખર્ચ ઘટાડી શકાય છે.